Øverste organ er representantskapet som består av ordførerne fra deltakerkommunene. Alle representantskapets medlemmer har tale-, forslags- og stemmerett. Representantskapet fastlegger strategier for arbeidet i rådet, fastsetter årlig kontingent og godkjenner regnskap og årsberetning for rådet.

Styret er det utøvende organet for Søndre Østfold IPR, og er et folkevalgt organ etter kommuneloven § 5-1. Østfold fylkeskommune deltar på styrets møter med de rettigheter og det antall representanter som følger av partnerskapsavtalen mellom fylkeskommunen og de deltakende kommunene.